L’univers de Warhammer 40,000 se situe dans un futur lointain au 41ème millénaire. Suite à une ère de barbarie et de décadence, l'humanité a été fédérée par un homme au statut mythique et divin nommé Empereur de l'Humanité. Celui-ci aurait permis la fondation d'un empire galactique appelé Imperium. Mais l'Imperium est menacé de toutes parts par des races extraterrestres belliqueuses, l'hérésie et les forces corruptrices du Chaos. C'est notamment à cause de ce mal qui ronge l'Imperium que l'Empereur est cloué à son trône d'or qui le maintient en vie. L'Imperium régente l'humanité sous un régime à la fois théocratique et totalitaire, qui maintient l'humanité dans l'obscurantisme et assure une dévotion complète au culte de l'Empereur. Le rôle de l'Inquisition est de protéger ce régime non seulement des ennemis extérieurs, mais aussi l'Imperium lui-même, car la rébellion est omniprésente.